Năm 490, để đáp lại lời đề nghị của Bắc Ngụy Hiếu Văn Đế, Vũ Đế đã lập hòa bình với Bắc Ngụy.

Vào mùa thu năm 490, con trai của Vũ Đế là Ba Đông vương Tiêu Tử Hưởng (蕭子響)-thứ sử Kinh Châu, đã bị cáo buộc tiến hành giao dịch vũ khí trái phép với các bộ lạc man di. Các thuộc hạ của Tiêu Tử Hưởng đã bí mật bẩm báo sự việc cho Vũ Đế, và khi Tiêu Tử Hưởng biết chuyện, ông ta đã sát hại những người đã bẩm báo. Đáp lại, Vũ Đế cử một đội lính nhỏ do tướng Hồ Hài Chi (胡諧之) chỉ huy để đến chỗ Tiêu Tử Hưởng nhằm buộc Tiêu Tử Hưởng phải từ bỏ vị trí và trở về kinh thành chịu tội. Tuy nhiên, Hồ Hài Chi đã hành xử sai khi từ chối tất cả các nỗ lực nhằm đầu hàng của Tiêu Tử Hưởng, buộc Tiêu Tử Hưởng phải giao chiến. Tiêu Tử Hưởng sau đó đã cố tiến về Kiến Khang một mình để nhận tội, song trên đường, Tiêu Tử Hưởng đã bị tướng Tiêu Thuận Chi (蕭順之) chặn (Thái tử Tiêu Trường Mậu lo sợ Tiêu Tử Hưởng nên đã bí mật chỉ thị cho Tiêu Thuận Chi phải tìm ra và giết chết Tiêu Tử Hưởng), và Tiêu Thuận Chi đã siết cổ giết chết Tiêu Tử Hưởng. Vũ Đế mặc dù thương tiếc Tiêu Tử Hưởng, song đã bố cáo về tội lỗi của Tiêu Tử Hưởng và giáng thụy hiệu của con trai xuống tước hầu.

Năm 491, trái với các truyền thống Nho giáo về việc thờ cúng tổ tiên, Vũ Đế đã ra lệnh rằng phụ mẫu của ông (Cao Đế và Lưu Trí Dung) và tổ phụ mẫu của ông (Tiêu Thừa Chi (蕭承之) và Trần Đạo Chỉ (陳道止) muốn được cũng bằng lương thực trong khi cúng tế, hơn là những thứ theo nghi thức Nho giáo là một con lợn, một con bò, và một con dê. Vũ Đế bị các học sĩ Nho giáo chỉ trích nặng nề vì đã không tuân theo các truyền thống, đặc biệt là khi ông ủy thác cho em dâu của mình, vương phi của Tiêu Nghi, phụ trách việc thờ cúng tổ tiên.

Cũng trong năm 491, một dự án mà Vũ Đế đã cho khởi đầu vào năm 489—sửa đổi các đạo luật hình sự nhằm loại bỏ các quy định mâu thuẫn trong các điều luận do các quan Trương Phỉ (張斐) và Đỗ Dự (杜預) của triều Tấn viết—đã được hoàn tất, trong đó đã loại trừ rất nhiều điều chuyên quyền và bất công. Tuy nhiên, khi Vũ Đế ra lệnh rằng Quốc Học phải lập thêm một ban nghiên cứu pháp luật nhằm giúp các quan lại quen với luật hình sự mới, điều này đã không thực sự được thực hiện.

Năm 493, Thái tử Trường Mậu qua đời. Vũ Đế đã lập con trai của Thái tử là Nam quận vương Tiêu Chiêu Nghiệp làm hoàng thái tôn. Cũng vào năm đó, Vũ Đế qua đời. Mặc dù Vương Dung (王融) đã nỗ lực để đưa Tiêu Tử Lương lên ngôi, song Tiêu Chiêu Nghiệp vẫn được kế vị ngai vàng.

Sử gia đời nhà Tống Tư Mã Quang, đã nhận xét về Vũ Đế trong Tư trị thông giám:

Khi Thế Tổ trị vì, ông đã chú tâm đến các việc trọng đại của đất nước, giám sát những thứ trọng yếu, nghiêm khắc và thông minh, cương quyết và dứt khoát. Ông trao cho các thái thú và huyện lệnh nhiệm kỳ dài, và nếu như thuộc cấp của họ phạm pháp, ông sẽ gửi hoàng kiếm đến chỗ các thái thú và huyện lệnh để họ thực hiện việc hành hình. Do đó, trong những năm Vĩnh Minh, người dân thịnh vượng và thái bình, có rất ít tội phạm. Tuy nhiên, ông cũng ưa thích tiệc tùng và những trò chơi, và trong khi bày tỏ sự không hài lòng với thói xa xỉ và lãng phí thì bản thân ông lại không thể tránh được chúng.